Aukera berriak birusa kontrolatzeko

Zertarako irakurriko dut liburuko kapitulu bat bakarrik, entziklopedia osoa bizkorrago eta merkeago irakur badezaket?». Premisa horretatik abiatu zuen EHUko SGIker ikerketa zerbitzuak Illumina enpresaren NovaSeq6000 gailuarentzako finantzaketa lortzeko prozedura. Espainiako Gobernuari egin zioten eskaera, Ikerketarako Europako Funtsak lortzeko, eta han jasotako milioi erdi euroei zitzaien Eusko Jaurlaritzak emandako beste horrenbeste. Irati Miguel Genomika Zerbitzuko goi teknikaria da han, eta, parean duen gailuari, begira itxaropenez mintzo da: «Sekulako aurrerapausoa da». Izan ere, genomaren material genetikoaren sekuentziazioa, hau da, azterketa osoa, azkarrago eta merkeago egiteko eta datu gehiago biltzeko gaitasuna du EHUn jarri berri duten gailuak. Baina ez da Euskal Herrian dagoen bakarra: Nafarroako Nasertic zentroan ere badute beste bat, eta han COVID-19aren laginen sekuentziazio masiboa egiteko baliatzen dute, pandemiaren bilakaeraren jarraipena helburu.

Kanpotik fotokopiatzaile arrunt bat dirudi, ekipamendua osatzen duten ordenagailu antzeko beste bi gailuren alboan. Egun bakarrean 50 giza genoma aztertzeko gai da. Liburuen etsenplura jo du, beste behin ere, Miguelek zer egiten duen azaltzeko: «Gure genoma entziklopedia handi batda: liburuki ezberdinak ditu, eta bakoitzak bere kapituluak, paragrafoak, hitzak eta karaktereak. Sekuentziadore klasikoekin hamasei esaldi irakur nitzakeen batera ordubetean, liburuki bateko kapitulu batekoak. Honekin 50 entziklopedia oso irakur ditzaket, bere liburuki guztiak, egun bakarrean. Saltoa ikaragarria da». Konparaziorako, sekuentziazioaren hastapenetan, giza genoma bakar bat sekuentziatzeko hamar urte aritu ziren hainbat ekipo elkarlanean.

Gailuak, oro har, ikerketara ekar dezakeen iraultza du buruan Miguelek, baina osasungintzari egingo dion ekarpena ere azpimarratu du. «Ekipo honek aurrerapen handiak ekarriko ditu osasun publikoan. Diagnostiko eta tratamenduetan sekulako salto handia ekarriko du». Eta, ezinbestean, egungo osasun arazorik globalenean: COVID-19an.

Izan ere, birusaren aztarna jarraitzearen garrantziaz ohartarazi dute adituek. Kutsatzeen ugaritzeak aldaera berrien sorrera errazten duenez, positibo guztien %5 sekuentziatzeko gomendioa egin zien estatu kideei Europako Batzordeak, eta, ahal dela, kopuru hori %10era hel zedin eskatu zuen. Hain zuzen ere, hortxe sartzen da NovaSeq6000en funtzioa. Nafarroako eredua buruan, Miguelen hitzetan, gailu horrek egunean 3.000 COVID-19 laginetik gora sekuentzia ditzake momentu berean, eta formatu horretan, PCR proben antzeko prezioa du. «Birusa gauza oso txiki bat da. Giza genomaren entziklopedia horretan guztietan tomo bateko kapitulu bat baino ez litzateke izango. Illuminaren makina handian, 3.072 COVID genoma sekuentzia daitezke batera». Hori gailurik handienean, baina positiboen bolumena txikiagoa bada, ekipamendua osatzen duten beste bi gailuek kopuru txikiagoak sekuentziatzeko aukera ematen dute. «Arazoa da 3.000 lagin horiek banan-banan sartu behar direla makinan. Guk irakurtzeko gaitasuna badugu, baina horiek guztiak prozesatzeko, ez», azaldu du Miguelek.

Horretarako ere aurreikusi du soluziorik, ordea. Azaldu du zenbait enpresak sekuentziaziorako liburutegi kitak eta datuen analisirako aplikazioak sortu dituztela: COVID-19 laginak sekuentziatzeko prestatzen dituzten baliabideak, alegia. Horiek erabilita, aurrerapen handiak lor daitezkeela uste du, PCR positiboen laginak sekuentziatzera bidaliz gero emaitza esanguratsuak lortuko lituzketela, alegia: «Ez dut esaten egunero, baina astean behin edo hilean behin 3.000 lagin batu eta oso merke aterako litzaieke. Demagun batezbeste 500 positibo detektatzen dituztela egunean, astebetean 3.500. Horien %10 —asteko 350— sekuentziatzea nahiko bideragarria litzateke.Gainera, ekipoak malgutasun handia du eskalari dagokionez; beraz, momentuan momentuko intzidentziara molda gaitezke».

Gailua oraindik ere berria dela azpimarratu du, eta, hain zuzen ere, horregatik ez dutela oraindik lankidetzarik abiarazi Eusko Jaurlaritzarekin. Dena den, administrazioko arduradunak jakinaren gainean egon badaudela nabarmendu du, eta, behar izanez gero, prest daudela elkarlan hori abiarazteko. «Horrelako ekipo bat, dirutza publikoari dagokionez ere hain kostu handia izan duena, horrenbesteko potentzia duena... Gelditu gabe egon beharko litzateke lanean».

Minbizian ere, aurrerapena

COVID-19ari egin dakiokeen ekarpenak du ikusgaitasuna eta premia gehien, baina gailu berriak askoz aukera gehiago eskain ditzakeela dio Miguelek: biopsia likidoen bitartez minbiziaren metastasia hastapenetan atzemateko balio duela adierazi du. Ikerketarako odola, likido linfatikoa edo gernua har ditzake. Teknika «ez-inbasibo» horrek orain arte lortu gabeko aurkikuntzak egitea erraztuko duela azpimarratu du Miguelek, markatzaile tumoralak, edo minbizia daramaten zelulak gainontzeko gailuek baino abiadura azkarragoan eta sentikortasun handiagoz identifikatzeko gaitasuna baitu.

«Ulertu behar da minbizia tumore solido bat dela, eta tarteka-tarteka askatzen duela zelula edo DNA zatitxoren bat, tumorearen DNA gorputzean zabalduz. Hori horrela, gorputzean ditugun milioi bat DNA zatitxotik bakarren bat, agian, zelula kantzerigeno horietatik zetorren. Gailu horri esker, genoma guztia sekuentziatu beharrean, gene eta markatzaile tumoral horiek nire odoletik sekuentziatzen ditut. Baina genoma zati hori, liburuko kapitulua alegia, hamar aldiz irakurri beharrean —hamar bat zelula irakurriko lituzkeela—, honek baimentzen dit milioi bat aldiz edo bi milioi aldiz irakurtzea».

Metastasia horrenbesteko aurrerapenarekin identifikatzeak tratamenduan hobekuntzak ekar ditzake: «Helduko ginateke puntu batera zeinetan odol analisi batetik zelula kantzerigeno bat aurki dezakegun, tumorala dela dakiguna, eta, gainera, nongoa den eta zer tratamendu jaso dezakegun jakin dezakeguna. Hori, 500 bat euroren truke. Egiten diren proba guztien aldean, askoz merkeagoa da». Ikerketan du jarrita begirada Miguelek, baina beste arlo batzuetan baliatzearen alde agertu da, betiere gizartearen aurrerapena helburu. «Horrelako gaitasuna duten ekipoak ezin dira geratu bakarrik unibertsitateko ikerketa proiektuen esku: onurak gizarteak ere aprobetxatu behar ditu. Gu gizartearen zerbitzura gaude».